L’attuale chiesa (antecedente al 1513), si erge nel luogo un tempo detto”In capite portus”, oggi Via Santa Caterina.
Nel XVI secolo apparteneva all’ospedale ed era di patronato comunale. Non di rado si svolgevano al suo interno i parlamenti cittadini. Fin dal 1585 è stata sede di un banco dei pegni dal titolo “Santo monte della Pietà” nato con lo scopo di riscattare gli stabiesi “dalla Maomettana tirannide“. Questa istituzione è stata sostituita, nel XVII secolo, dalla congrega intitolata a Santa Caterina,
di cui si ha memoria nel 1636.
Fino al 1931, prima d’ogni varo, si celebrava qui, la messa in cui le maestranze, del Cantiere Navale, invocavano la protezione di San Giuseppe. Tutte le numerose opere di pregio sono doni dei confratelli. Da tradizione, le statue dei santi Giuseppe e Giuda Taddeo (sec. XIX ), sarebbero dono del Regio Cantiere Navale.
Il monumento è composto da una chiesa superiore e una cripta sotterranea.
La struttura superiore(che risalirebbe al 1585) è stata riedificata nel 1725. La chiesa si presenta a navata unica con cantoria. Di gran pregio sono le opere in m
armo. I tre pregevoli altari e la balaustra sono opere dalla fattura tardo settecentesca; l’altare privilegiato fu consacrato nel 1809 (e, in quanto rotto, fu riconsacrato nel 1881). Da un’iscrizione marmorea risulterebbero consacrati nel 1941 i due altari laterali (forse riconsacrati a seguito di restauro); in tale occasione furono inserite alcune reliquie. L’insieme della navata è fastosamente ornato dalle decorazioni, dagli ori e dai finti marmi realizzati nel 1965 dall’artista stabiese Francesco Filosa. L’altare privilegiato è adornato dalla settecentesca statua di Santa Caterina e da tre tele votive (1788) raffiguranti i santi Pietro e Paolo e la Madonna Addolorata
Nei locali della chiesa sono da segnalare un gran quadro che rappresenta “ La Risurrezione”(1764), un dipinto (sec. XVIII) che rappresenta “il martirio di Santa Caterina” e artistici arredi lignei.
La cripta (ipogeo) inferiore (che risalirebbe al 1385), riedificata nel 1754, è stata restaurata e modificata nel 1970. In stile romanico, è divisa in tre ambienti sostenuti da quattro colonne; la volta della sezione centrale è adornata da interessanti stucchi. Nell’ipogeo si osservano le nicchie e i loculi anticamente usati come gocciolatoi, un ossario comune realizzato nel 1970, l’arcaico pozzo che era usato durante le sepolture e una piccola statua raffigurante il “San Michele del Faito".